Somente por convênio, chancelado por decreto legislativo é que podem os Estados outorgar isenções. Trata-se de situação onde via de regra, haveria a tributação, encontrando-se no campo da incidência.

A legislação que prever a isenção é uma exceção à legislação que prevê a tributação.

Exemplos de isenção:
i)  A saída de veículos para portadores de deficiência física.
ii) A saída de ônibus destinado ao transporte escolar.
iii) A saída de produto farmacêutico destinado à administração pública.

O Artigo 21 da LC 87/96 nos ensina que:

"Art.21 - O sujeito passivo deverá efetuar o estorno do imposto de que se tiver creditado sempre que o serviço tomado ou a mercadoria entrada no estabelecimento:

I - for objeto de saída ou prestação de serviço não tributada ou isenta, sendo esta circunstância imprevisível na data da entrada da mercadoria ou prestação do serviço."

Portanto as saídas sujeitas a isenção não geram, em regra geral, direito a manutenção do crédito. Como toda regra tem suas exceções, aqui não é diferente, existindo no Regulamento do ICMS do Estado de São Paulo, por exemplo várias saídas as quais, embora isentas permitem a manutenção do crédito das entradas que a originaram.

A isenção, como dispensa do pagamento do tributo devido, implica na restrição do fato gerador da obrigação tributária.  Em outras palavras, as situações abstratamente descritas na hipótese de isenção são aquelas excluídas das situações de hipótese de incidência tributária.